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システム監査とは、国によって定められた「システム監査基準」に基づいて、企業や組織の情報システムの信頼性・安定性・効率性・有用性について独立した立場（内部組織やコンサルティングファーム、監査法人など）が総合的に検証を行い、その結果を内外部のステークホルダーに対して評価・助言などを報告し、必要があれば改善実施のフォローアップをすることです。もともとシステム監査は、会計監査から端を発したもので、会計処理がコンピューターを使って行われるようになり、コンピューターを使ってどのような会計処理が行われたのかを調査する必要性が出てきたためシステム監査が生まれました。
会計監査の場合には原則として、外部の独立した立場が監査を行うことになりますが、システム監査の場合には、内部・外部の両方のケースがございます。内部の場合には会社内の独立した組織が行いますが、外部の場合は例として、金融システムなどがあげられます。これは金融庁の検査マニュアルの中で決められていることで、金融機関に対して定期的に外部監査を受けるよう指示しているものです。外部監査をすることで、社外の利害関係者に企業の状況を伝えるという目的もあります。
また、システム監査の特徴として、会計監査とは異なり大企業・上場企業以外は法的には義務付けられていない任意監査になります。任意とはいえ、現在の業務活動は、ほとんどがシステム上で行われ、顧客や取引先に迷惑の掛からない環境を整えておかなければなりません。そのためシステム監査が必要になってきます。
システム監査を実施することで、当事者以外には実態がつかみにくいといわれる情報システムの安全性、信頼性、効率性についてのリスクや課題を把握することができ、その結果、情報システム投資や外部委託先選定などの意思決定やリスク（システム障害、プロジェクトの遅延、情報漏洩などの問題など）に応じた改善策が可能になります。
現在ではJ-SOX法の導入によって、内部統制強化が求められるようになり、情報システムの統制も監査対象になり、それによってシステム監査の重要性が高まっています。

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